El valiente ninja de Kioto, siguiendo las instrucciones del jefe de su orden, debe ir a las Tierras Oscuras y encontrar artefactos antiguos allí. Tú en el juego Ninja vs Zombies te unirás a él en esta aventura. Tu héroe deberá pasar por muchos lugares y superar varios peligros. Hordas de zombis deambulan por las localizaciones con las que tu héroe tendrá que luchar. Al entrar en batalla con ellos, el héroe usará varias armas. Destruyendo a los muertos vivientes ganarás puntos, y también podrás recolectar trofeos que se caerán de ellos. Con los puntos que obtienes, puedes comprar varias armas y municiones para tu personaje en la tienda del juego.