El valiente ninja de hoy debe penetrar en el campo del enemigo y destruir a su líder. Tú en el juego Ninja Hands lo ayudarás en esta batalla. Delante de ti en la pantalla verás el camino por el que se moverá tu héroe. En su camino habrá varias trampas y obstáculos que tendrá que superar bajo tu liderazgo. Tan pronto como notes al enemigo, elige un arma usando un panel especial en el que se ubicarán los íconos. Al elegir, por ejemplo, una espada, te enfrentarás en un duelo con el enemigo. Al golpear tendrás que destruir a los enemigos. Para ello, se te otorgarán puntos en el juego Ninja Hands y podrás recoger trofeos que se hayan caído del enemigo.