Hasta ahora, Mario solo tenía que lidiar con hongos malignos, caracoles y otros secuaces de su eterno enemigo Bowser. Pero estas son solo flores en comparación con lo que le espera en Super Mario Commander. Un ataque insidioso desde el espacio se realizó inesperadamente en el Mundo de Mario. Criaturas terribles y feroces, armadas hasta los dientes, causaron estragos en el reino una vez pacífico. Mario tendrá que tomar un arma seria y desempeñar el papel de un superhéroe. Y para que él tenga éxito, ayude al plomero a dominar un nuevo rol por sí mismo. Es necesario limpiar las plataformas de los piratas espaciales y devolver el mundo a la tierra en Super Mario Commander.