La guerra estalló entre las dos órdenes de ninja. Tú, en el juego Ninja Versus Ninja, participarás en este enfrentamiento. Al comienzo del juego, tendrás que elegir tu personaje. Debajo recibirás armas y municiones. Después de eso, tu héroe estará en un área determinada. Tu oponente estará en el extremo opuesto de la ubicación. A la señal, tendrás que moverte en su dirección. Tan pronto como te acercas, comienza el duelo. Puedes golpear con tu espada o usar armas arrojadizas. Tu tarea es matar al enemigo lo más rápido posible y conseguir puntos por ello. También te atacará. Tendrás que esquivar sus golpes o bloquearlos con tu espada.