Sonic tiene la oportunidad de enfrentarse a su antiguo enemigo Knuckles. El erizo azul recibió información inesperada sobre la ubicación de su oponente y tiene la intención de ir allí. Junto con su amigo y asistente Tails, los héroes viajarán a la isla en avión. Después de aterrizar, se encontrarán con Knuckles, pero este desaparecerá rápidamente. Debes ayudar a Sonic y su amigo a perseguir al villano. Colocó muchas trampas en la isla para que nadie pudiera alcanzarlo, pero Sonic no puede ser detenido y controlarás estrictamente el movimiento del héroe, evitando que se tope con picos afilados. Recoge anillos, siempre serán útiles para el héroe de Sonic 3 & Knuckles.