Las frutas en Fruit Ninja no están destinadas a comerse como ensaladas o simplemente por diversión. El héroe del juego ninja recolectó un montón de frutas para no perder sus habilidades con una espada katana. El héroe trabaja como cocinero en un café, hace unos años dejó su país natal no por su propia voluntad, sino escondiéndose de la mafia local. Pero las manos de la mafia son largas y pueden encontrarlo en cualquier momento, lo que significa que debes estar preparado y se requiere entrenamiento. Y como no hay equipo deportivo especial a mano, tendrás que usar frutas. El asistente arrojará sandías, plátanos, manzanas, kiwis y otras frutas, y tú las cortarás en Fruit Ninja.