El apocalipsis puede ocurrir por varias razones, en el juego Apocalypse Run ayudarás al héroe que estaba en el centro del apocalipsis que apareció como resultado del levantamiento de las máquinas. La inteligencia artificial, cuya aparición era tan esperada y tan admirada por su rápido desarrollo, decidió que ahora no necesita de personas. Además, son incluso dañinos, porque hacen todo mal, a menudo se comportan de manera irracional, destruyen el medio ambiente y matan a los de su propia especie. Se ha formado una fuerte creencia en la mente de la máquina de que el hombre es el principal mal del planeta y debe ser destruido. Así comenzó la destrucción sistemática de la humanidad, y el héroe de Apocalypse Run quiere evitar esto y tú lo ayudarás a luchar contra los robots.