En dirección a un pequeño asentamiento ubicado en Japón, se mueve un destacamento de ladrones. Aunque matan a los lugareños y saquean el pueblo. Un valiente guerrero ninja se puso de pie para proteger a los lugareños. Tú en el juego Phase Ninja ayudarás al héroe a luchar contra los villanos. Frente a ti en la pantalla será visible el área en la que se ubicará tu personaje. Una unidad enemiga se moverá en su dirección. Con la ayuda de varias armas arrojadizas y un arco con flechas, puedes destruir a los oponentes a distancia. Cuando el enemigo se acerca, desenvainas tu espada y entras en combate cuerpo a cuerpo. Al golpear con una espada al enemigo, los destruirás y obtendrás puntos por ello. Después de la muerte de los enemigos, podrás recoger trofeos que se les caerán.