Cerca de un pequeño pueblo ubicado en Japón, aparecieron los muertos vivientes. Deambulan por el asentamiento por la noche y se aprovechan de las personas. El valiente guerrero ninja Kyoto recibió una orden del emperador para destruir a los zombis. Tú en el juego Ninja Versus Zombie ayudarás al ninja en esto. Delante de ti en la pantalla habrá un área en la que se ubicará tu personaje. Con las teclas de control dirigirás las acciones del ninja. Tendrá que correr hacia adelante por el terreno y mirar cuidadosamente a su alrededor. En el camino, podrá recolectar monedas de oro y otros artículos dispersos por toda la ubicación. Tan pronto como te encuentres con un zombi, atácalo. Usando varias armas del arsenal ninja, destruirás zombis en el juego Ninja Versus Zombie y obtendrás puntos por ello.