Una criatura llamada Pixelmon vive en el mundo de Minecraft. De alguna manera nuestro héroe fue a las regiones más remotas del país para establecerse aquí y construir una pequeña ciudad. Tú en el juego Pixelmon Craft lo ayudarás en esto. Frente a ti en la pantalla verás a tu personaje, que se encuentra en una determinada ubicación. A un lado del mismo, se verá un pequeño mapa con iconos que indican la ubicación de varios recursos. Tu héroe tendrá que visitar todos estos lugares y obtener estos recursos. Luego, usando un panel de control especial, comenzará la construcción de varios edificios para las necesidades de nuestro héroe. También puede crear nuevas herramientas y armas.