Estalló una guerra entre su país y un estado vecino. En el juego Atari Missile Command, estarás al mando de la defensa de la base militar donde sirves. Delante de ti en la pantalla verás los edificios de tu base y armas de cohetes instaladas en todas partes. El enemigo ha disparado una masa de cohetes a tu base, que aparecerás en el cielo. Tendrás que derribarlos a todos y evitar que caigan al territorio de la base. Para ello, utilizando el ratón, configurará la mira de sus instalaciones con la ayuda de cruces azules. Abra fuego cuando esté listo. Si tu vista es precisa, derribarás misiles enemigos y obtendrás puntos por esto. Habiendo acumulado un cierto número de ellos, actualiza sus instalaciones y municiones para ellos.