Mire el Reino Champiñón, una emergencia sucedió nuevamente: la Princesa Peach fue secuestrada. Pero esta vez el malvado Bowser no tiene nada que ver con eso, ya que no es sorprendente. El pobre fue arrastrado por un fantasma malvado y se fue volando con el rehén al lado oscuro de un mundo completamente diferente, que no pertenece al que vive Mario. El valiente fontanero tendrá que cruzar el mundo de Minecraft y encontrar al secuestrador. Una vez en un territorio extranjero, Mario se convertirá en un bloque de habitantes y esto no es sorprendente, no tiene necesidad de destacarse. Ayuda al héroe en Super Mario MineCraft Runner a correr por un largo camino con obstáculos para recoger monedas.
