En el antiguo Japón, había una guerra constante entre dos castas de guerreros: samurai y ninja. Tú en el juego Ninja Runner lucharás del lado de la Orden de los Ninjas. Tu personaje recibió una orden del jefe de la orden para llevar a cabo un reconocimiento en un bosque, donde los destacamentos samurai pueden esconderse. Tu héroe valientemente se sumergió en el bosque y corrió por el camino. Muchos peligros y trampas lo esperan en su camino. Tu controlando a tu personaje tendrá que hacerlo saltar y no caer en estas trampas. Si te encuentras con soldados enemigos, tendrás que destruirlos a todos con la ayuda de una espada. Solo recoge los diversos artículos que caen en su camino.