Mientras investigaba otro caso, el héroe del juego Mystery Subway Escape 2, el detective Michael, encontró una entrada secreta a estaciones de metro abandonadas. Pocas personas saben sobre ellos. No estamos hablando de túneles técnicos, sino de estaciones que alguna vez estuvieron operativas, pero que por una razón u otra resultaron cerradas y no reclamadas. Allí quedaron algunos equipos, cosas y artículos que no se tiraron porque aún podrían ser útiles. Es allí donde nuestro héroe buscará pruebas y luego una salida, ya que la puerta por donde entró fue cerrada por alguien en Mystery Subway Escape 2. Al parecer lo estaban vigilando y decidieron deshacerse del meticuloso detective.
