Los habitantes de un pequeño pueblo japonés son constantemente oprimidos por la aristócrata local. Un samurái que viajaba por Japón decidió ayudarlos. Para hacer esto, deberá infiltrarse en el patrimonio de un aristócrata y destruirlo. Tú en el juego Mini Samurai Kurofune ayudarás al samurái en esta aventura. Tu héroe tendrá que entrar en la finca que está custodiada por mercenarios ninja. Ellos atacarán a tu personaje. Tú controlas las acciones del héroe que luchará contra ellas. Blandiendo hábilmente una espada y usando técnicas de combate cuerpo a cuerpo, tendrás que destruir a todos tus oponentes. Por esto en el juego Mini Samurai Kurofune te darán puntos. Después de la muerte del enemigo, recoge los trofeos que se le caerán.
