En el juego Atom War irás al mundo donde viven las partículas más pequeñas, a las que llamamos átomos. Ha comenzado una guerra en este mundo y tú tomarás parte en ella. Verás tu átomo rojo en la pantalla frente a ti. Tendrá un cierto tamaño y un pequeño campo de fuerza será visible a su alrededor. Alrededor de tu átomo, otras partículas comenzarán a aparecer con un color azul. Tendrás que examinarlos cuidadosamente y encontrar aquellos que sean más pequeños que tu personaje. Esto significa que estas partículas son más débiles que su átomo. Tendrás que perseguirlos y luego atacar. Al destruir el átomo azul, recibirás puntos y tu personaje se volverá más grande y más fuerte.
