El agente secreto, con nombre en código # 46, tendrá que llevar a cabo una serie de misiones en todo el mundo hoy. Tú en el juego Super Spy Agent 46 lo ayudarás con esto. Al elegir una misión, se encontrará en un área determinada. Usando las teclas de control, harás que tu héroe avance. Mire a su alrededor con cuidado. Tan pronto como notes al enemigo, apúntale con tu arma y atrápalo con la mira. Cuando esté listo, abra fuego para matar. Al disparar con precisión, matarás a los enemigos. Por esto se le darán puntos. Después de la muerte de un enemigo, es posible que se le caigan trofeos. Deberá recolectar estos artículos. Ayudarán a tu héroe a sobrevivir y ganar más batallas.