Un escuadrón de piratas atacó uno de los puertos marítimos. En el juego Pirate Defense estarás a cargo de la defensa de esta ciudad. Frente a ti en la pantalla verás la carretera que va del puerto a la ciudad. Deberá examinar todo cuidadosamente e identificar lugares estratégicamente importantes. Después de eso, utilizando un panel de control especial, deberá construir torres defensivas a lo largo de la carretera. Tan pronto como aparezcan los piratas, tus soldados abrirán fuego desde estas torres y comenzarán a destruirlas. Por cada enemigo asesinado, recibirás puntos. En ellos puedes comprar armas para tus soldados o mejorar las torres de defensa.
