En un futuro lejano, los científicos desarrollaron un barco en miniatura especial con el que era posible destruir varios tipos de virus. Usted en el juego Virus Hunter lo controlará. Ante usted en la pantalla verá el cuerpo humano dentro del cual se ubicará esta unidad. Volará hacia adelante gradualmente ganando velocidad. En su camino surgirán varias bacterias. Tendrá que disparar con precisión desde herramientas especiales para caer en estas bacterias y así destruirlas.
