En el antiguo Japón, había templos especiales en los que preparaban guerras como el ninja. Usted en el juego Ninja Runs 3d va a uno de ellos y ayuda a un ninja a pasar por varios tipos de entrenamiento. Hoy, tu héroe tendrá que correr a lo largo de una carrera de obstáculos especialmente construida junto con otros ninjas y llegar primero a la línea de meta. Manejarás sus acciones. Tienes que saltar muchos obstáculos, subir varios obstáculos y realizar muchas más acciones que ayudarán a tu ninja a ganar el concurso.
