Un niño llamado Jack es un matón muy conocido en la ciudad que constantemente pinta las paredes de los edificios de la ciudad. Una vez entró en la estación y comenzó a hacer otro dibujo allí. Por esto fue atrapado por un policía y ahora nuestro chico tendrá que huir de él. En Rail Runner, ayudarás a Jack en esta aventura. Frente a ti en la pantalla verás a tu personaje, que irá corriendo por las vías del tren ganando velocidad gradualmente. A lo largo del camino surgirán varios obstáculos. Cuando tu héroe esté cerca de uno de los obstáculos, tendrás que usar ciertas teclas de control. Entonces tu héroe saltará y volará sobre este obstáculo. Si no tienes tiempo de reaccionar, chocará contra ella en la carrera y se lesionará.